自1901年迄2021年的诺贝尔奖颁发历史中，日本是欧美之外获奖很多的国家，达29人，进入21世纪后甚至仅次于美国居世界第二。日本人斩获的诺奖中，生理学或医学奖5人。多数诺贝尔奖得主是大学的教授或研究者，日本的医学高等教育及基础医学研究水平之高由此可见一斑。
此外，日本在地理上与中国相近，文化上亦有相通之处，相比生活开销相对高昂且路途遥远的欧美，可以说是医学留学深造的很佳之选。
日本的国公立大学由于兼具高知名度、强大实力和相对平民的学费，竞争尤为激烈。以高等学府东京大学为例，硕士一年学费为535,800円，博士为520,800円，约合人民币3万元。除相对友善的学费外，奖学金及助学金也非常丰厚，可凭借学生自身实力争取。
七所旧帝大及近日备受关注的东京医科齿科大学等出名国公立与千叶大学、神户大学等优秀地方国公立院校均设有医学相关的专业，同学们可综合自己的条件及需求进行选择。
坐落于日本首都东京的心脏，在以偏差值高低论考取难度的日本，各个学科的偏差值均一览众山小，是当之无愧的日本出名学府。隶属于理科三类的东大医学部和药学部是全国偏差值高的学科，大学院医学研究和教育更是在世界范围内名列前茅。
如同中国的清北之争，京都大学和东京大学在日本也是互不相让，这也从侧面体现出京都大学的优秀。虽然从教育理念的角度看，与重视创新及研究的东大相比，京大对于临床的培养的优先级相对更高，但这并不意味着其在研究上的弱势——五名诺贝尔生理学或医学奖获得者中，有一位来自东京大学，但有两位来自京都大学。
另外，同在关西的大阪大学也是世界排名前一百的优秀综合类大学，且与有府立医大分庭抗礼的京大相比，其在关联医院的数量上甚至更胜一筹。
作为与东大、京大、阪大齐名的“旧帝七”，东北大、北大、名大及九大虽然位于地方，在交通及生活便利性上可能略逊于上述三所院校，但相较其他国立大学，他们有着更优越的硬件条件、师资力量乃至扶持；且作为地方国公立，更能提供静心研究的环境，在这里学习深造必将受益颇丰。
除以上七所旧帝大外，以日本曾经的国立齿科医学教育机关，东京高等齿科医学校为基础设立的东京医科齿科大学的实力也不容小觑。由于东京大学没有自己的齿学部（口腔医学院），东京医科齿科大学也被称为“齿科的东大”。
日本私立大学昂贵的学费使得一般家境的学生望而却步，以庆应义塾大学大学院医学专业为例，硕士一年的学费高达1,382,500円，博士则为1,172,500円，约合人民币8~9万，足足是国公立的2~3倍。
由于其高昂的学费，教师学生更多出身富裕，身后通常有优厚的财团支持，如果能负担得起高昂的学费，也能享受到更优越的生活学习环境。
与早稻田大学并称“早庆”，是日本私立大学并肩的双雄。因早大没有医学部，庆应医学部自然而然成为日本私立医学院标杆。另外，作为有名私立，庆应的毕业生们不仅在医学和研究方面大放异彩，在行政管理及社会活动方面也颇有建树，其压倒性的医疗及社会关系网能够为学生的未来发展提供强力的支持。
除了同学们耳熟能详的庆应义塾大学外，在医学方面，东京慈惠会医科大学及日本医科大学也非常强势。作为拥有悠久的历史，且为日本临床医学的发展做出巨大贡献的院校，被尊称为医学部的“私立御三家”。
正如四天王一般有五个，御三家也有四所——近年，随着医学部的发展，由私立御三家派生出的“新御三家”，即庆应义塾大学，东京慈惠会医科大学，及顺天堂大学，逐渐也有了较广的认知度和接受度。顺天堂大学与日本医科大学医学部偏差值基本处于同水平，且同样在医師国家試験中实绩丰硕，对志望学习医学的考生来说也是非常理想的选择。
基础医学：参照国内医学院本科非临床类专业课，如细胞生物学、病理病态学、解剖学等。近年来，国内医生就职晋升对科研要求逐步提高，选择出国深造基础医学，专注实验，产出文章，从长远上看反而是更优选择。
护理学：日本大学院看护学方向分类很多，既可参照国内护理学研究生方向，也有个别具有日本特色的方向如高龄者护理。除了发达的护理学高等教育吸引人之外，护理较其他专业留日也具有更大优势。
康复检验影像公共卫生等辅助专业在日本医学大学院亦有对应学科。