耶鲁大学工程与应用科学学院的研究生可以与教师和外部研究人员合作，从康涅狄格州纽黑文校区的许多研究中心和设施深入研究生物工程到纳米科学和量子工程等课题。耶鲁工程学院的研究中心包括绿色化学和绿色工程中心、研究开发环保产品和工艺以及DNA分析设施。不同程度的研究机会补充了耶鲁大学工程与应用科学学院的学位。研究生可以获得生物医学，电气，化学，环境和机械工程以及材料科学硕士学位。学校还提供每个部门的博士课程，以及在不追求学位的情况下进修课程或进行研究的机会。除了课堂和研究机会之外，耶鲁大学工程与应用科学学院的研究生还可以参加专门从事创新的专业协会和学生团体，如美国设计师。
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