北大在蔡元培的主持下，思想主张各异的学界大牛都凑在一起了，各派的思想学说不仅打开了北大学子的眼界，也影响了当时的社会。在蔡元培的推动、鼓励和资助下，各种思想刊物、研究学会、社团迭出，除了激进的《新青年》和提倡传统的《国故月刊》，学生傅斯年、罗家伦等人还创办了介绍西洋近代思潮、批评中国现代学术上、社会上各问题的《新潮》杂志，蔡元培亲自为该刊题写刊名。1920年10月该杂志社也结集出版了《蔡孑民先生言行录》。百家争鸣也必然会引起争端，比如，同为章太炎门下的钱玄同与黄侃分属新旧两派，黄侃在讲课时会朝对面教室的钱玄同破口大骂。
1919年5月4日，来自北京十几所高校的三千多名学生上街游行示威，蔡元培保持放任的姿态，从内心来说，他对学生的爱国之举，是同情乃至赞成的。但学生在示威中，出现焚宅殴人的局面，最终有32名学生被捕，其中北大学生占了20人，这是蔡元培所不能容忍的。当晚蔡元培在礼堂对着学生讲：“发生这种事，我这个校长要引咎辞职，不过在我辞职之前，一定会把三十二位学生保释出来。”蔡元培联络了其他大专院校的校长，一起同北京政府交涉，最后以自己身家作保，才把被捕的学生领了回来。而蔡元培却辞职了，他剃掉长须，登上南下的火车，悄然离开了北京。
蔡元培辞职，北大的学生和老师怎么会同意？于是一场“挽蔡”运动又出现在北京的街头。北京各校再次罢课请愿，要求政府请回蔡元培，学生还亲自组成了“南下代表团”，由张国焘带队，亲自劝返。虽说蔡元培考虑到全局，由杭州返回北京，重新主持北大。但他对未来充满着担忧：“今后将不易维持纪律，学生们很可能为胜利而陶醉。”果不其然，当时校园里出现了许多令人忧心的现象。一些学生无心向学，临考时集体提出要“免考”。更令人伤脑筋的是，学生或教师稍有不满，动则以罢课、请愿等极端方式作对抗。就拿1922年10月的“讲义风波”来说吧，当时国家动荡，教育经费被一再拖欠，北大校方只好向学生征收少量讲义费，竟然引起数百名学生在宿舍门口集合，其中有十多个学生冲到校会计室，恫吓、谩骂教职员，不仅拒交几毛钱的讲义印刷费，还威逼校方收回成命。
这时的蔡元培一改平时的温良，挽起袖子，挥舞拳头告谕学生：“你们闹什么，这是教授评议会做出的决定，你们必须服从。”大部分学生被蔡元培震住了，纷纷散去，但仍有一些学生涌进办公室，要找主张这条“可恶规定”的人算账。蔡元培毫无惧色：“谁敢违背教授评议会的决定，就与我决斗！我是从手枪炸弹中历练出来的，你们如有手枪炸弹，不妨拿出来对付我。”学生哪见过这种阵势，只能没趣的退去。